重点推介:Meridian可冻干基因分型FFPE直扩qPCR预混液(MDX168)

重点推介:Meridian可冻干基因分型FFPE直扩qPCR预混液(MDX168)

Lyo-ReadyTM 可冻干基因分型FFPE直扩qPCR预混液结合了*的化学缓冲液配方、PCR增强剂、以及优化的抗体热启动聚合酶,dNTPsMgCl2为一体,并搭配提供了两管组织提取缓冲液,促进DNA释放,用于对富含PCR抑制物的FFPE粗裂解组织样本进行快速、精确和可靠的等位基因识别和SNP检测的簇分离。

迈迪安MDX168提供的提取缓冲液可获得更高的DNA提取率

分别使用MDX168提供的提取缓冲液、ATL缓冲液(Qiagen)G2缓冲液(Qiagen)GeneJet FFPE试剂盒提取缓冲液(ThermoFisher)7mgFFPE肺组织进行消解处理,并与使用Qiagen QIAamp FFPE组织DNA提取试剂盒获得的纯化DNA进行比较(作为参考)。结果显示,与提纯的DNA或用其他市售缓冲液消解的FFPE组织相比,用MDX168提取缓冲液处理获得的DNA产量明显更高。说明MDX168提取缓冲液对FFPE组织具有较高的DNA提取率。存储在MDX168提取缓冲液中的DNA在室温下可稳定达24小时,在4℃下可稳定达3天。

在有抑制物存在的情况下可检测低至1个拷贝DNA

分别使用Lyo-ReadyTM 可冻干基因分型FFPE直扩qPCR预混液的液体(蓝色)和冻干体系(红色)20% MDX168提取缓冲液中10倍稀释的合成DNA(分别为1,000,100,101拷贝)进行检测。结果显示,冻干后的Lyo-ReadyTM 基因分型FFPE直扩qPCR预混液具有和液体体系具有相同水平的高效扩增能力、灵敏度和重现性。

上海金畔生物科技有限公司重点推介Meridian可冻干基因分型FFPE直扩qPCR预混液(MDX168),欢迎选购!

“FFPE DNA提取”你需要的,都在这里!

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多年来,石蜡包埋切片技术一直是用于病理检查的主要手段,随着科学不断发展,现代分子生物学技术越来越广泛地被用于人类疾病研究的诸多领域,许多肿瘤都可以用基因及其蛋白质产物等在分子结构上的变化来解释其病因和发病机制。新鲜或速冻样本是DNA的重要来源,但是收集和维护它们的成本很高,因此无法广泛获得。1985年,Goelz[1]最先从石蜡包埋组织中提取出高质量的DNA,结束了DNA研究依赖于新鲜或速冻样本的历史,石蜡包埋组织DNA提取技术对肿瘤发生的分子机制的探讨,诊断与研究等方面均具有重要价值。

石蜡包埋组织DNA的脱蜡方法有物理法,二甲苯脱蜡法,72℃保温脱蜡法,TES溶液水浴脱蜡法等,目前ZUI常用的是二甲苯脱蜡法,但二甲苯是有毒试剂,是3类致癌物之一。ZYMO通过多年研发,推出了一款快速简便且DU有的无毒脱蜡液的FFPE DNA提取试剂盒。

上海金畔生物科技有限公司提供此款试剂盒:

简介:

FFPE DNA小量提取试剂盒为从福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样本和切片中高产量/高质量地分离DNA提供了一种简单而可靠的方法。该产品的独TE化学成分经过优化,可最大限度地回收非交联、超纯DNA,而不会受到RNA污染。只需使用提供的蛋白酶K消化脱蜡组织,加热,然后使用试剂盒中的Zymo-Spin柱纯化DNAPCR抑制剂在分离过程中被有效去除,洗脱的DNAPCR、下一代测序、酶操作等的理想选择。


操作流程示意图:

优点:

提取效率比较:

使用本试剂盒与供应商Q Kit从同样样本中提取到的DNA进行实时PCR分析比较。如上图的扩增曲线所示,使用本试剂盒分离的DNA始终产生较低的Ct值。

兼容不同片段提取:


本试剂盒选择性分离DNA50bp500bpDNA,然后在1%琼脂糖凝胶上进行分析。

提取步骤:

脱蜡:

1.尽可能多的从组织上去除石蜡,然后将样品放置到一个1.5 ml离心管中。

:最多处理25 mg石蜡块中的组织或最多4个组织切片(总表面积20mm2)建议处理1-2个切片

2.向样品中加入400 μl,55°C孵育1分钟,短暂涡旋

3.除去样品中的脱蜡溶液然后处理下一个切片。

组织消化:

1.针对离心管中去除了脱蜡液的组织样品 (≤25 mg) ,加入以下混合物:

2.

3.将温度调到94°C孵育20分钟。然后加入5 μl RNase A,混匀,在室温下再孵育5分钟。

DNA纯化:

1. 离心管中加入350 μl Genomic Lysis Buffer,涡旋混匀。

2. 向样品中加入135 μl异丙醇(自行准备)并混≥ 12000×g离心1分钟去除不溶

3. 将上清液转移到Zymo-Spin? IICR柱中,Zymo-Spin? IICR柱套在一个收集管里,10000×g离心1分钟。

4. Zymo-Spin? IICR柱套在一个新的收集管中,加入400 μl Genomic DNA Wash 1,10000×g离心1分钟。弃掉收集管中的废液。

5. Zymo-Spin? IICR柱中加入700 μl Genomic DNA Wash 2,≥ 12000×g离心1分钟。弃掉收集管中的废液。

6. Zymo-Spin? IICR中加入200 μl Genomic DNA Wash 2,≥ 12000×g离心1 分钟。

7. Zymo-Spin? IICR柱转移到干净的微量离心管中。加入≥ 50 μl DNA Elution Buffer或水(如果采样25 mg组织,添加≥ 100 μl)到柱基质上。室温下放置 2-5 分钟。

8. 全速离心30秒以洗脱 DNA

洗脱的DNA可立即用于基于分子的应用或储存-20oC以备将来使用。

[1] GOELZ SE, HAMILTON SR, VOGELSTEIN B. Purífication of DNA from formaldeyde fixed and paraffin-embedded tissues[J].Biochem Biophys Res Commun, 1985, 130(1):118-126.


NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2 货 号 #E7360L NEB酶试剂 New England Biolabs

上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs(NEB)酶试剂全线产品,欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于所有测序平台:DNA 修复

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产品特点

该新产品进一步提升了二代测序(NGS)流程中 FFPE DNA 的修复效果

概述

 FFPE 是福尔马林固定石蜡包埋样本,由于其固定和保存的方法,给其中的 DNA 造成严重损伤,因此从 FFPE 样本中获取高质量的序列数据就变得具有挑战性。NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 是一种优化的酶混合物,旨在修复 FFPE 样本 DNA,同时配有经过优化的试剂,能实现更精简的 NGS 文库制备流程。

NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 包含经过优化的酶和缓冲液,可在二代测序流程中以更精简的方式修复 FFPE DNA。
 
NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 在第一代 NEBNext® FFPE DNA 修复混合液的基础上提升了性能:
对于 FFPE DNA 具有更高的修复效率。
更精简的 NGS 文库制备流程。
更方便的反应缓冲液,包含高效修复 FFPE DNA 和随后的末端修复/加 dA 尾所需的所有缓冲液。
使用热敏蛋白酶 K 进行纯化后无需纯化,可直接进入建库步骤。
 
FFPE DNA 的损伤类型及 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 的修复能力。
 NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L
 
NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 与 NEBNext® UltraII DNA 文库制备试剂盒实验流程
NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L
 

产品描述

 

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复不同质量的 FFPE DNA 后,都能进行高效的文库制备。选用 25 ng 不同质量和组织来源的 Covaris® 超声打断后的 FFPE DNA 样本制备文库。使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复后使用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)建库,共进行 9 个 PCR 循环。使用 Agilent® HS D1000 TapeStation® 进行文库定量。NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 根据起始 DNA 的质量和损伤类型,不同程度地提高 FFPE 文库的产量。误差条表示每个文库样本两次重复的标准差。

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

使用 NEBNext® 发夹结构接头和 Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复 5 – 250 ng FFPE DNA 后,都能进行高效的文库制备。选用 5 ng、50 ng 和 250 ng 三种不同质量的正常肝脏 FFPE DNA 样本制备文库,比较使用和不使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复的文库制备效果。使用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)和(a)NEBNext® 发夹结构接头,针对 5 ng、50 ng 和 250 ng 三种起始 DNA 分别使用 11、8 和 6 个 PCR 循环制备文库,以及(b)NEBNext® Unique 双端 Index 引物,UMI 接头(NEB #E7395),针对 5 ng、50 ng 和 250 ng 三种起始 DNA 分别使用 11、8 和 6 个 PCR 循环制备文库。使用 Agilent® HS D1000 TapeStation® 进行文库定量,图中绘制了 2 个文库(5 和 50 ng)和 1 个重复(250 ng)的平均产量。误差条表示 5 和 50 ng 文库重复的标准差。使用 NEBNext® 发夹结构接头和 Unique 双端 Index 引物,UMI 接头,针对 5 ng 至 250 ng 的 FFPE DNA 样本,NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 都能进行高效的文库制备。

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 能提高各项文库质量指标,包括比对率、正确匹配的双端 reads 和嵌合序列。选用三份 50 ng 不同质量的正常肝脏 FFPE DNA 样本(使用或未使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复),采用 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库。使用 Illumina NextSeq® 500 测序。向下抽样 100 万个双端 Reads,并使用 Bowtie2(v2.3.2)将 Reads 与 GRCh38 人类参考基因组(RefSeq 884148)进行比对。使用 MarkDuplicates(v1.56.0)分析比对上的 Reads,使用 Picard SAM/BAM 比对汇总指标(v1.56.0)。使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 可提高比对率,并降低非正确匹配和嵌合序列。

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 能修复 FFPE DNA 样本中存在的大量胞嘧啶脱氨损伤。选用两种 50 ng 不同质量的正常肝脏 FFPE DNA 样本(DIN 2.0 和 DIN 1.8,),使用或未使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复后,采用 NEBNext® UltraII DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库后,使用 Illumina NextSeq® 500 测序。向下抽样 100 万个双端 Reads,并使用 Bowtie2(v2.3.2)将 Reads 与 GRCh38 人类参考基因组(RefSeq 884148)进行比对。根据等式MAX([C T]-[G A])/([NC]+[NG]),EXP(-10)),使用 MarkDuplicates(v1.56.0)分析比对上的 Reads,使用 Tasmanian(V0.1.3)分析 dCdT(CT)突变。(a):在 Read 1 和 Read 2 中,绘制了 CT 突变频率与 Read 位置(0 – 75 bp)的函数关系图。当使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复后,在两个不同的 FFPE DNA 样本中,这些 CT 突变的丰度和位置偏差都显著降低。(b):Read 2 中的错误突变被量化为总频率。图中结果是每种情况下的两个重复数据。

NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L
NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 能修复 FFPE 和非 FFPE DNA 样本中的氧化损伤。
A:选用两种 25 ng 不同质量不同组织的正常 FFPE DNA 样本,比较使用或未使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 修复的文库结果。使用 NEBNext® UltraII DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库,并使用 Illumina NextSeq® 500 测序,向下抽样 200 万 Reads,并使用 Bowtie2(v2.3.2)将 Reads 与 GRCh38 人类参考基因组进行比对。使用 MarkDuplicates(v1.56.0)和 Tasmanian(V0.1.3)分析比对上的 Reads。Read 1 中绘制了每个文库 2 个重复数据中 dCdT(CT)突变频率。根据等式 MAX([G T]-[C A])/([NG]+[NC]),EXP(-10))计算 dCdT(CT)突变。
B:以在水*或 Tris-EDTA pH 8.0 中超声打断的 100 ng 人类基因组 DNA 为起始样本,使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 和 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库。使用 Illumina NextSeq® 500 测序,向下抽样 200 万 Reads,并如上所述分析 GT 突变频率。*注:Covaris 厂家不建议在水中超声打断 DNA,此处用作人为氧化损伤的底物。
 
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与 UDG 处理相比,NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 提高了文库产量。选用四种 50 ng 不同质量不同组织的正常 FFPE DNA 样本(FFPE #1-3,DIN 2.0 和 FFPE #4,DIN 6.7),在使用 NEBNext® UltraII DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645)制备文库前,使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2、UDG(NEB #M0280)处理或未处理。虽然 UDG 可以切除起始 DNA 中的 dU 碱基,但 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 则可以完全修复这些损伤位点,并提高最终文库产量(图 2、3、7)和各项指标(图 4)。
NEBNext®FFPE DNA 修复模块 v2            货   号                  #E7360L

 

使用 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 减少了由胞嘧啶脱氨而引起的体细胞突变中的假阳性。以四种 100 ng 不同质量不同组织的的 FFPE DNA 为起始样本,使用 NEBNext® FFPE DNA 修复混合液(NEB #M6630)或 NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2,NEBNext® Unique 双端 Index 引物,UMI 接头(NEB #E7395)和 NEBNext® Ultra II DNA 文库制备试剂盒(NEB #E7645),10 个 PCR 循环制备文库。使用 custom cancer hotspot panel(Twist Bioscience®)捕获文库,使用 Illumina NextSeq® 2000 测序。所有 fastq 文件向下抽样相同 Reads(新鲜冻存的 Reads 为 2 x 1800万,FFPE 的 Reads 为 2 x 1300 万)。使用 fastp(0.20.0 版本)修剪双端 Reads,并使用 BWA mem(0.7.17 版本)进行比对。picard(2.20.6)中 Markduplicate 使用 UMI 信息。在 fgbio(0.8.1)中处理 UMI 信息以获得共有序列 Reads。体细胞突变从 strelka2(2.9.10)程序 bam 文件调出,数据已用 UMI 矫正了重复序列。根据每种情况的绘制体细胞突变图。NEBNext® FFPE DNA 修复模块 v2 可提高胞嘧啶脱氨修复(CT/GA)效率,并有效修复氧化损伤(GT/CA)。

 

 

NEBNext FFPE DNA 修复混合液 货 号 #M6630L NEB酶试剂 New England Biolabs

上海金畔生物科技有限公司代理New England Biolabs(NEB)酶试剂全线产品,欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。

产品资料 – 用于二代测序的 NEBNext® 试剂 – 适用于所有测序平台:DNA 修复

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货 号
规 格
价 格(元)
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苏州库存

#M6630L
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#M6630S
24 次反应
2,039.00

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产品特点

注意: 该产品已推出修复效果更佳的 NEBNext FFPE DNA 修复模块 v2(NEB #E7360)。
 
 利用 FFPE DNA 样本可以构建高质量的 NGS 文库
 用于文库制备前,适用于所有 NGS平台
 不改变 DNA 序列
 放心使用 NEB NGS 建库平台为 FFPE样本建库 

概述

从福尔马林固定石蜡包埋的样本(FFPE)中获得临床材料是一种常见的、行之有效的方法。但是固定和保存样本的方法会损伤和破坏到样本里核酸质量。因此,想要从样本获得更多有用信息,包括高质量的序列数据就变得具有挑战性,尤其是当样本总量有限时。NEBNext FFPE DNA 修复混合液是由多种酶按照一定的配方混合而成,经过优化和验证可以用来修复 FFPE 样本 DNA。FFPE DNA 修复混合液能提高文库产量,没有偏嗜性,从总体上提高建库成功率。 

NEBNext FFPE DNA 修复混合液            货   号                  #M6630L

表格 1:FFPE DNA 的损伤类型及 NEBNext FFPE DNA 修复混合液的修复能力

NEBNext FFPE DNA 修复混合液            货   号                  #M6630L

图 1:FFPE DNA 修复混合液对文库产量的影响。在构建文库之前,用 FFPE DNA 修复混合液处理胃癌 FFPE DNA,然后将处理过的样本和未处理的样本同时建库,并用 Agilent Bioanalyzer ® 进行建库分析,结果显示:产量提高 101% – 458%。

功能验证

每个批号都经过修复 FFPE DNA,并经过后续的构建文库和 Illumina 测序来验证。 

适用于所有平台的试剂——订购信息

NEBNext FFPE DNA 修复混合液            货   号                  #M6630LNEBNext FFPE DNA 修复混合液            货   号                  #M6630L

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