甲基化 DNA 检测:MSP-ZEWB 提取亚硫酸氢钠处理 DNA

甲基化 DNA 检测:MSP-ZEWB 提取亚硫酸氢钠处理 DNA

检测DNA 甲基化需多个技术环节:制备基因组 DNA 样品;DNA的片段化,再用亚硫酸氢钠处理,使未甲基化 C 转变成 U 而甲基化 C 保持不变; 纯化亚硫酸氢钠处理后的痕量DNA;用qPCR 或二代测序等检测。

MSP-ZEWB 提取基因组DNA 效力与常用硅醇磁珠相当。 MSP-ZEWB 纯化亚硫酸氢钠处理后痕量 DNA 的片段耐受高浓度阴离 子干扰 (参见:IntJBiolMacromol2018;120(B):2234-2241)。

MSP-ZEWB 提取短链核酸效力强,属于其优势应用之一。

磁珠特点
 核-壳结构:聚合物包裹纳米磁芯
 超顺磁纳米 Fe3O4颗粒质量占比高
 磁响应速度不逊于常用竞品
 表面有小体积兼性离子对修饰层
 蛋白及中性小分子非特异性吸附低
 表层吸附大量水,分散稳定性好
 分离性能标定值批间波动<6%

液体活检提取 cfDNA:两性解离离子交换磁珠 MSP-ZEWB

液体活检提取 cfDNA:两性解离离子交换磁珠 MSP-ZEWB

        MSP-ZEWB 对水溶蛋白非特异吸附低,提取细胞外游离核酸时可不去 蛋白(耐受残留细胞干扰),提取效力强于硅醇磁珠,适合血浆、血清、羊 水中循环非细胞DNA(Circulatingcell-freeDNA,cfDNA)。需长时间保存所 提取的 cfDNA 则宜变性蛋白,终浓度>3.0M 盐酸胍适用。
      吸附核酸时 MSP-ZEWB 对核酸片段长度的选择性与硅醇磁珠相反: 对短链核酸效力强于长链核酸。选择提取短链核酸为MSP-ZEWB 特色。 提取cfDNA 备选流程:用蛋白酶 K 室温处理液体样品约 10min 灭活 其中DNA 酶;用吸附缓冲液调节混合物 pH 到 3.5~4.2 并稀释以降低离子 强度,再加磁珠吸附 cfDNA;洗涤磁珠,后洗脱所吸附的 cfDNA。
     提取样品中短链 cfDNA,是 MSP-ZEWB 的优势应用之一。

提取痕量样品中核酸:两性解离离子交换磁珠 MSP-ZEWB

提取痕量样品中核酸:两性解离离子交换磁珠 MSP-ZEWB

两性解离离子交换磁珠 MSP-ZEWB 为明星产品,表面有兼性离子对 修饰层,脂肪族羧基、脂肪族氨基及咪唑基组成的两性解离基团;pH~4.2 经静电吸引结合阴离子(核酸),pH~8.6 时静电排斥洗脱阴离子(核酸)。
两性解离离子交换磁珠结合样品中带同种电荷离子时基本无选择性,
但磁珠与核酸之间的静电吸引显著强于硅醇磁珠与核酸之间的氢键。
提取痕量样品(如脱落细胞)中核酸是 MSP-ZEWB 的优势应用之一。 提取RNA 备选流程:终浓度>3.0M 盐酸胍变性样品中蛋白;吸附缓 冲液稀释并调节混合物pH 到 3.4~4.2,加磁珠吸附 RNA;洗涤、洗脱RNA; 如需去除所有 DNA,则用无 RNA 酶的 DNA 酶 I 处理所得 RNA,再提取。 提取DNA 时用蛋白酶 K 替换盐酸胍,用于灭活 DNA 酶。