天根血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒(DP304)产品介绍

天根血液/细胞/组织基因组DNA提取试剂盒(DP304)产品介绍

本试剂盒采用可以特异性结合DNA的离心吸附柱和du特的缓冲液系统,提取多种细胞中的基因组DNA。离心吸附柱中采用的硅基质材料为本公司新型材料,高效、专一吸附DNA,可有效去除杂质蛋白及细胞中其他有机化合物。提取的基因组DNA片段大,纯度高,质量稳定可靠。

产品特点:

1. 简单快速:1h内即可获得高纯度的基因组DNA。

2. 广泛:适用于血液、多种动物细胞和动物组织等。

3. 纯度高:获得的DNA可直接用于PCR、酶切、杂交等分子生物学实验。

注意事项:

1. 第一次使用前应按照试剂瓶标签的说明先在缓冲液GD和漂洗液PW中加入无水乙醇。

2. 样品应避免反复冻融,否则会导致提取的DNA片段较小且提取量也下降。

3. 若缓冲液GA或GB中有沉淀,可在37℃水浴中重新溶解,摇匀后使用。

4. 所有离心步骤均为使用台式离心机,室温下离心。

产品选购:

货号

产品名称

规格

DP419

RNAsimpleRNA提取试剂盒

50

Coriell人类基因组DNA标准品(NA12878)定量方法

Coriell人类基因组DNA标准品(NA12878)定量方法

一、DNA是如何提取的?

2019年之前,使用Qiagen Autopure LS仪器或通过改良的Miller盐析法手动从新鲜血液、唾液、永生化淋巴细胞和成纤维细胞中纯化基因组DNA。自201911日起,gDNA的分离使用自动磁珠纯化法(Hamilton Microlab STAR利用PromegaReliaPrep大容量HT分离系统)或手动使用改良的Miller's盐析程序。

二、DNA质量控制是如何进行的?

DNA浓度通过A260处的分光光度吸光度测定,使用1O.D.相当于50 ug/ml双链DNA的惯例或Oubit dsDNA BR测定法,一种基于染料的荧光方法,取决于存储库。为了评估DNA完整性,使用Agilent TapeStation评估DNATapeStation软件确定DNA完整性数字(DIN)作为gDNA完整性的度量。

6个常染色体微卫星标记的多重PCR方法验证了DNA样品的一致性。在同一反应中,用一对额外设计的引物扩增X染色体和Y染色体釉原蛋白基因之间的等位基因差异区域来确定性别。

三、DNA样本的浓度和体积是多少?

Coriell运送的大多数样本在300-375 ng/ul之间,但不同的存储库是不同的。每个DNA样品的浓度可在随货件一起提供的浓度表上找到。请注意,对于不同的存储库,浓度是由不同的方法确定的。

四、应该如何重新测试DNA浓度?

我们建议使用Nanodrop或传统的基于cuvelte的分光光度计,TE作为合适的样品空白。DNA浓度可以根据A260值使用1.0 D.相当于50ug/ml双链DNA的惯例来计算。

Qubit@dsDNA BR测定(Q32850:ThermoFisher Scientific)也可用于测定DNA浓度。该测定使用超灵敏荧光核酸染色,用标准荧光计和荧光素激发和发射波长定量溶液中的双链DNAdsDNA)。

更多有关Coriell人类基因组DNA标准品(NA12878)的定量方法,请联系上海金畔生物科技有限公司。

Coriell人类基因组DNA标准品(NA12878)产品介绍

Coriell人类基因组DNA标准品(NA12878)产品介绍

        Coriell Institute生物库管理着世界上zui多样化的细胞系、DNA和其他生物材料的收集和分发,供国际生物医学研究界使用。以其管理的超过8万份细胞样本量,成为科研细胞库中的翘楚。其中NIGMS库和NIA库中管理的生物资源样本量最多。

Coriell人类基因组DNA标准品(NA12878)供体受试者在CYP681C5基因(CYP2C19*2)外显子19的核苷酸2处有一个单次bpG-to-A)转变,从而产生异常剪接位点。这一变化改变了从氨基酸215开始的mRNA阅读框,并在下游产生了过早的终止密码子20个氨基酸,导致截短的无功能蛋白。由于剪接位点异常,外显子40开头(从bp5bp643)发生了682bp缺失,导致氨基酸215227缺失。截短的蛋白质有234个氨基酸,并且由于缺乏血红素结合区而具有催化失活性。下面让我们一起来看看Coriell人类基因组DNA标准品(NA12878)的产品属性吧!

存储库:NIGMS人类遗传细胞库

细胞类型:B淋巴细胞

组织类型:血

活检来源:外周静脉

数量:25 µg

示例源:来自LCLDNA

转化体:EB病毒

颜色:白

种族:犹他州/莫蒙

原产国:美国

上海金畔生物科技有限公司重点推介Coriell人类基因组DNA标准品(NA12878),欢迎选购!

Coriell基因组标准品品牌代理商

上海金畔生物科技有限公司是Coriell基因组标准品品牌代理商 ,欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。
Coriell基因组标准品代理

详情介绍

Coriell Institute由著名病毒学家 Lewis L. Coriell 博士于 1953 年创立。Coriell 博士是一位科学先驱,为通过无菌细胞培养技术和细胞系冷冻保存的进步进行生物医学研究。 在培养物中维持人类活细胞并防止它们被污染的能力导致了脊髓灰质炎研究的重大突破:它使科学家能够培养脊髓灰质炎病毒并致力于研制第一种疫苗。 为了实现预防和治疗疾病的使命,Coriell 始终致力于通过生产世界yi流的生物材料并在以下领域开展突破性研究来加速科学发现: 生物库和表观遗传学。 我们正在从多个方面追求了解人类遗传疾病的使命。 Coriell 的生物库管理着世界上多样化的细胞系、DNA 和其他生物材料,这些生物材料的收集和分发供国际生物医学研究界使用。 事实上,Coriell 是 1960 年美国国立卫生研究院认可的shou批两个guan方细胞库之一。 Coriell 研究人员也在对 DNA 在癌症、衰老等方面发挥作用的多种方式进行研究。 在 Coriell,我们每天都充满创业精神,并敏捷而专注地应对挑战。 员工和科学家合作研究支持我们共同愿景的想法。 通过将这些科学理念转化为医学进步,Coriell 今天的创新证明了其开拓性的过去。 更重要的是,Coriell 今天的创新是对您未来的承诺。

Coriell Institute为研究人员提供了从患有心脏病或阿尔茨海默氏病等最常见疾病到科学上已知的最罕见遗传病的个体中采集的样本。该品牌提供各种材料,包括细胞系、DNA 和先进的诱导多能干细胞。 ——Coriell基因组标准品代理

Coriell多物种、多组织DNA样本

Coriell着力于生产品质高的多种生物材料,在生物样本库、DNA样本库和干细胞生物学等方面进行开创性研究。

Coriell生物库包含多样化的细胞系、DNA和其它生物材料。

DNA样本编号:

HG00101,HG00102,HG00108,

HG00109,HG00110,HG00120,

HG00404,HG00406,HG00407,

HG00421,HG004072,HG00476

产品用途:

Coriell存储多种遗传疾病的个体样本,可为全球科学界提供品质高、信赖度高的多种生物样本,以便了解人类遗传疾病。

产品编号

产品名称

产品用途

HG00101

DNA样本

Coriell存储多种遗传疾病的个体样本,可为全球科学界提供品质高、信赖度高的生物样本,以便了解人类遗传疾病。

HG00102

DNA样本

HG00108

DNA样本

HG00109

DNA样本

HG00110

DNA样本

HG00120

DNA样本

HG00404

DNA样本

HG00406

DNA样本

HG00407

DNA样本

HG00421

DNA样本

HG004072

DNA样本

HG00476

DNA样本

Coriell基因组标准品代理——上海金畔生物科技有限公司,为您提供Coriell Institute品牌标准品、诱导多能干细胞、DNA等。



热销产品:天根细菌基因组dna提取试剂盒

热销产品:天根细菌基因组dna提取试剂盒

天根细菌基因组dna提取试剂盒简介:

本试剂盒采用可以高效、专一结合 DNA 的离心吸附柱和dute的缓冲液系统,既适用于革兰氏阴性菌基因组 DNA 的提取,也可适用于革兰氏阳性菌基因组 DNA 的提取。本试剂盒也可用于食品致病菌(微生物)基因组提取,如:金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌、出血性大肠杆菌 O157:H7、单增李斯特、沙门氏菌、阪崎肠肝菌等。可从1-5 ml细菌培养液中,快速提取纯化10-40μg纯净的基因组 DNA,所得基因组 DNA 可直接用作 PCR 模板、酶切、杂交等分子生物学实验。

天根细菌基因组dna提取试剂盒特点:

 简单快速:革兰氏阴性菌在1h内可获得高纯的基因组DNA。

 纯度高:获得的DNA纯度高,可直接用于PCR、酶切、杂交等分子生物学实验。

天根细菌基因组dna提取试剂盒下游应用:

★ 革兰氏阴性菌基因组提取

★ 革兰氏阳性菌基因组提取

★ 食品中致病菌基因组提取

天根细菌基因组dna提取试剂盒操作步骤:

1.取细菌培养液1-5 ml,10,000 rpm(~11,500×g)离心1min,尽量吸净上清。

2.向菌体沉淀中加入200μl缓冲液GA,振荡至菌体chedi悬浮。

注意:对于较难破壁的革兰氏阳性菌,可略过第2步骤,加入溶菌酶溶液进行破壁处理,具体方法为:加入110μl缓冲液(20 mM Tris,pH 8.0; 2 mM Na₂-EDTA;1.2%Triton),和70μl溶菌酶溶液(50 mg/ml,货号:RT401),37 ℃处理30min以上。如果需要去除RNA,可加入4μl RNase A(100 mg/ml)溶液(货号:RT405-12),振荡15 sec,室温放置5 min。

3.向管中加入20μl Proteinase K溶液,混匀。

4.加入220μl缓冲液GB,振荡15 sec,70 ℃放置10 min,溶液应变清亮,简短离心以去除管盖内壁的水珠。

注意:加入缓冲液GB时可能会产生白色沉淀,一般70℃放置时会消失,不会影响后续实验。如溶液未变清亮,说明细胞裂解不chedi,可能导致提取DNA量少和提取出的DNA不纯。

5.加220μl无水乙醇,充分振荡混匀15 sec,此时可能会出现絮状沉淀,简短离心以去除管盖内壁的水珠。

6.将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中),12,000 rpm(~13,400×g)离心30 sec,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中。

7.向吸附柱CB3中加入500μl缓冲液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000 pm(~13,400×g)离心30 sec,倒掉废液,将吸附柱CB3放入收集管中。

8.向吸附柱CB3中加入600μl漂洗液PW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000 rpm(~13,400×g)离心30 sec,倒掉废液,吸附柱CB3放入收集管中。

9.重复操作步骤8。

10.将吸附柱CB3放回收集管中,12,000 rpm(~13,400×g)离心2 min,倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟,以chedi晾干吸附材料中残余的漂洗液。

注意:这一步的目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除,漂洗液中乙醇的残留会影响后续的酶反应(酶切、PCR等)实验。

11.将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中,向吸附膜的中间部位悬空滴加50-200μl洗脱缓冲液TE,室温放置2-5 min,12,000 rpm(~13,400×g)离心2 min,将溶液收集到离心管中。

注意:洗脱缓冲液体积不应少于50 μl,体积过小影响回收效率。洗脱液的pH值对于洗脱效率有很大影响。若用ddH₂O做洗脱液应保证其pH值在7.0-8.5范围内,pH值低于7.0会降低洗脱效率;且DNA产物应保存在-20℃,以防DNA降解。为增加基因组DNA的得率,可将离心得到的溶液再加入吸附柱CB3中,室温放置2 min,12,000rpm(~13,400×g )离心2 min。

更多有关天根细菌基因组dna提取试剂盒介绍,请联系上海金畔客服!

天根细菌基因组dna提取试剂盒代理——上海金畔生物科技有限公司,成立于2017年,由经验丰富的技术团队、商业团队及管理团队组建而成,专注于免疫学、细胞生物学、分子生物学等领域核心试剂产品的研发、生产与销售基于“客户第一”的核心理念,上海金畔在产品自主研发的同时,也与全球多家生命科学试剂供应商建立良好的合作关系,向全球10,000+客户提供200,000+优质产品。上海金畔将以品质树立品牌,以服务赢得口碑,致力于成长为重要的生物化学试剂开发与成果转化的kai tuo zhe,并成为行业ling xian的优质品供应商。


细菌基因组测序服务

细菌基因组测序服务

产品介绍

细菌基因组测序,可分为细菌基因组de novo测序和细菌基因组重测序两类。细菌基因组de novo测序,即从头测序是指不需要任何现有的序列信息就可以对某个细菌物种进行测序,利用生物信息学分析手段对序列进行拼装,从而获得该细菌物种的基因组序列。细菌基因组重测序是对已有参考序列(Reference Sequence)的物种的不同个体进行基因组测序,并以此为基础进行个体或群体水平的差异性分析。可关注大量的单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、结构变异(Structure Variation,SV)等变异信息。细菌基因组测序可以预测重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制,已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因的重要工具。

根据不同的研究目的和需求,细菌基因组测序可具体分为以下产品: 
细菌重测序
构建小片段文库,深度测序,基于已知参考基因组关注基因组变异情况(包括SNP和InDel等),可进行群体研究。 
细菌denovo测序
细菌框架图:构建小片段文库,采用高深度测序(100X)和初级的基因组从头组装策略,可满足细菌基因组研究的基础需求。 
细菌精细图:构建大片段和小片段文库,采用高深度测序(150X)和针对性的基因组从头组装策略,是目前细菌基因组研究的主导产品。 
细菌完成图:根据待测菌株具体情况量身定制*策略,构建不同大小片段及类型文库,综合利用多种高通量测序技术及组装技术,终组装得到一条完整的基因组序列(1 Contig,0 gap),是细菌基因组测序从头组装的高标准。 
流程图

结果示例

案例分析
案例:耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)全基因组测序揭示其传播机制及系统发育 
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.

 

 

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)是一种常见的引发医院内感染的致病菌,本研究对泰国东北部一家医院分离出的79株菌进行了全基因组测序,绘制了该菌的系统发育树,并发现了多个不同进化支,据此推理出感染病人之间的MRAS传播途径。
技术参数

产品

测序策略

交付指标

周期

细菌重测序

HiSeq/MiSeq, 500bp文库

≥100X

40个工作日

细菌框架图

HiSeq/MiSeq, 500bp文库

≥100X

35个工作日

细菌精细图

HiSeq/MiSeq, 500bp+6K文库

≥150X 
(小片段100X, 大片段50X) 
1-7M: Scaffold<25个 
7-10M: Scaffold<45个

45个工作日

细菌完成图

多测序平台及多类型文库

1 Contig, 0gap

75个工作日

样品要求

样品类型

检测方法

总量

浓度

其他要求

DNA

Qubit、AGE

小片段文库:≥ 1.5μg 
大片段文库:≥20μg 
PCR-free :≥10μg

小片段文库: > 50ng/μL 
大片段文库: > 133 ng/μL 
PCR-free : ≥30 ng/μL

OD260/280= 1.8~2.0

服务流程

1、提交项目课题相关需求和资料。

2、与我们的专业技术团队讨论项目细节。

3、根据讨论后的意见对实验方案进行修改。

4、双方均满意并达成一致,签订技术服务合同。

5、开展实验,按期完成合同规定的内容。

6、结题,提供实验原始结果和分析结果、实验流程、实验条件等等。

我们的优势

1、适用于单细胞、微量细胞样品。

2、数据质量高、偏差小、高度均一。

3、高通量,单个样本可达30-100X的测序深度和数据产出量。

4、*的覆盖度,能检测到90%以上的SNP位点信息。

5、检测灵敏度和准确度高。

6、能够全面发掘新的和稀有的遗传变异

咨询与订购

感谢您选择我们的服务,如果您有任何问题,请联系我们,我们将竭诚为您解答和服务。

 

 

宏基因组测序服务

宏基因组测序服务

宏基因组测序介绍
宏基因组测序(Metagenomics Sequencing)是对检测样品中全部微生物的总DNA(即宏基因组,Metagenome)进行提取纯化,随机打断,建库并进行高通量测序,后通过组装将小片段拼接成较长的序列。宏基因组测序主要研究微生物种群的结构、基因功能、微生物之间的相互协作关系、微生物与环境之间的相互关系等等。由于宏基因组测序不受微生物分离和培养的限制,大大扩展了微生物资源的利用度和便利性,为环境微生物群落的科学研究提供了的工具。
宏基因组的深度测序可以揭示环境中真实的物种多样性和遗传多样性,挖掘具有应用价值的基因资源,应用于开发新的微生物活性物质,为医药开发和生命科学研究提供宝贵的信息。

 
服务项目
目标区域扩增子测序(Targeted metagenomics)
全基因组测序(WGS Shotgun metagenomics)
 

宏基因组测序过程

 
服务流程
1、提交项目相关需求和资料。
2、与我们的专业技术团队讨论项目细节。
3、根据讨论后的意见对实验方案进行修改。
4、双方均满意并达成一致,签订技术服务合同。
5、开展实验,按期完成合同规定的内容。
6、结题,提供实验原始结果和分析结果、实验流程、实验条件等等。
客户提供
1、测序样本和信息。
2、测序要求,其他特殊要求。
样本要求
粪便:采集新鲜粪便样品于无菌容器中,每份样品5g左右即可,液氮速冻3-5min,-80°C长期保存,干冰运输。
土壤:采集土壤样本5g左右无菌容器中,液氮速冻3-5min,然后转移-80°C 或液氮中长期保存,干冰运输。
污泥:采集污泥样本于无菌容器中,每份样品5g左右即可,液氮速冻3-5min, -80°C长期保存,干冰运输。
水体:1、对于水质较为清澈的水样,用0.22μm 的微孔滤膜真空过滤水样(1 L左右),富集于无菌管中,液氮速冻3-5min,干冰运输。2、对于水质较为混浊的水样,三点水样混合摇匀后取60-80mL,液氮速冻3-5 min,-80℃保存,干冰运输。
皮肤:采用无菌棉签轻轻刮取皮肤表面,取样后将棉签置于无菌的离心管,液氮速冻3-5min,-80℃长期保存,干冰运输。
我们的优势
1、提供各种实验材料和仪器,满足项目课题实验需要。
2、专业的操作人员。
3、高规格实验室。
4、数据结果交付周期快。
5、完善的服务体系,全程跟进,确保满意。
咨询与订购 
感谢您选择我们的服务,如果您有任何问题,请联系我们,我们将竭诚为您解答和服务。

 

EZB基因组DNA快提试剂盒

上海金畔生物科技有限公司提供EZB基因组DNA快提试剂盒 ,欢迎访问官网了解更多产品信息和订购。
EZB基因组DNA快提试剂盒

详情介绍

一、试剂盒简介

EZB基因组DNA快提试剂盒是基于硅胶柱纯化技术的专门用于细胞和动物组织样品中基因组DNA提取的快速提取试剂盒。试剂盒中不含有酚/氯仿等有毒试剂,仅需10~15分钟即可得到高纯度、高产量的基因组DNA,后续可直接用于PCR、qPCR、酶切反应、文库构建及Southern杂交等实验。

二、产品组分

Components                                    B0007 (100 preps)

Lysis Buffer                                              60 ml

Wash Buffer1*1                                       24 ml

Wash Buffer2*2                                       12ml

Elution Buffer                                          25 ml

Spin Column(with Collection Tubes)   100 preps

*1:Wash Buffer使用前须加入36毫升的无水乙醇,混匀后方可使用。

*2:Wash Buffer使用前须加入48毫升的无水乙醇,混匀后方可使用。

三、保存条件

Genomic DNA Purification Kit中所有试剂均保存在室温条件。

四、试剂盒特点

1、简单快速:仅需10~15就可从细胞或组织中获得高质量的基因组DNA

2、产量和纯度高:获得的DNA纯度高,可直接用于PCR、qPCR、文库构建等下游实验。

3、安全无毒:本试剂盒中不含有酚/氯仿等有毒的有机溶剂。

740945.50-德国MN NucleoSpin食物基因组DNA提取试剂盒

产品型号740945.50

品       牌德国MN

产品简介

德国MN NucleoSpin食物基因组DNA提取试剂盒,快速从食物或饲料中小规模提取基因组DNA。能从复杂成分中分离微量降解的DNA,适用范围广泛,完全去除PCR抑制剂,得到高质量的DNA。

详情介绍

德国MN NucleoSpin食物基因组DNA提取试剂盒

产地:Germany
存储条件:常温
快速从食物或饲料中小规模提取基因组DNA。能从复杂成分中分离微量降解的DNA,适用范围广泛,完全去除PCR抑制剂,得到高质量的DNA。

德国MN NucleoSpin食物基因组DNA提取试剂盒技术参数

Mini spin kit for rapid isolation of DNA from food and feed

应用 DNA的分离
对象 DNA
CE认证 仅供科研使用
技术 硅胶膜技术
品牌 NucleoSpin
Format Mini prep
包装 10 Prep(s), 50 Prep(s), 250 Prep(s)
Handling 离心
裂解物澄清 离心
Sample material Feed, Food
样品量 < 200 mg
Fragment size 300 bp–approx. 50 kbp
典型收率 0.1–10 µg (200 mg food)
容量 30 µg
A260/A280纯度 1.6–1.9
洗脱体积 100 µL
时间 30 min/6 preps
应用 酶反应,实时PCR,Southern印迹法
存储条件 18−25 °C
保质期 27个月
危险品

稳定同位素标记的高维度代谢组学用于识别植物中缺失的特征代谢

稳定同位素标记的高维度代谢组学用于识别植物中缺失的特征代谢

    特征代谢的确切机制及其在植物进化中的重要性仍然是个谜。特征代谢的产物及其相应的生物合成基因对于理解某些代谢普遍存在的原因至关重要。尽管基于质谱(MS)的代谢组学使我们能够获得未知特征代谢物、已知代谢物及其对应异构体或类似物的结构特征数据,但分析方法的拓展仍然十分必要。在此,回顾总结了使用稳定同位素标记识别未知特征代谢物的先进分析方法。

    迄今,地球上大约391000种维管植物中的225种基因组已被测序。由于测序及数据分析技术方法的进步,预计这一数字在不久的将来会迅速增加。现代基因组测序能做到一个物种的全基因组分析或染色体规模的基因组分析。这些方法可用于从测得的基因组中获得相关代谢类型的详细信息。

   植物有两种代谢类型,即初级代谢,次级代谢或特殊代谢。初级代谢对于维持植物的生存十分必要,其与包括氨基酸、糖、脂肪酸和脂类在内的代谢物息息相关,且在进化早期即形成,存在于所有已知的植物中。而植物进化出特殊代谢的原因尚不明确;过去十年的研究表明,特殊代谢产物能保护植物抵抗环境胁迫,包括生物和非生物胁迫。为了确定特殊代谢物的作用,对相关生物合成基因修饰或缺失导致缺乏此类特殊代谢物的植物进行比较分析是必不可少的。例如,通过对比野生型和突变体的类黄酮生物合成途径,能阐明代谢物对氧化和干旱相关胁迫的作用。各种野生型物种的比较遗传分析揭示了酰化类黄酮对紫外线-B具有缓解作用,表明当植物暴露在严重的胁迫下时,它们会过度产生特殊的代谢物,表现出一定的缓解胁迫的能力。

     已有研究表明,参与代谢的剩余基因仍然存在于基因组中;然而,由于对应代谢物未被识别,对应基因的功能因此也未能被确认。因此,要确定相应基因的功能,必须揭示相应的代谢物。每一种植物有自己的“特殊代谢组”,其由特殊代谢物组成。植物界中至少有391000个这样的特殊代谢组。我们应该发展分析方法去识别尽可能多的特殊代谢组。MS是获取全面代谢组学数据的有力工具。串联质谱(MS/MS)图提供了有关代谢产物的结构信息,包括正负离子模式下m/z值和同位素分布信息。在液相色谱(LC)中,代谢产物的化学性质会影响其保留时间;例如,使用普通反相柱进行LC分析时,高极性代谢物保留时间较短,而非极性代谢物保留时间较长,其表明在对代谢物进行归属时,尽可能多地考虑到各个数据非常重要。

     根据代谢组学标准倡议,代谢物的化学归属分为四个级别:1级:鉴定;2级:注释;3级:表征;4级:未知;数据分析方法依此进行。现有的方法在鉴定“未知”代谢物方面依然存在困难。基于MS的代谢组学当前的挑战之一是开发归属未知代谢物的方法。核磁共振(NMR)能够成功地进行结构鉴定,是因为NMR提供了代谢物的多面或多维谱;而在基于MS的代谢组学中,LC-MS/MS采集的质谱图也能提供有用的代谢物结构信息。

在此,回顾了LC-MS/MS分析中使用稳定同位素标记测定未知代谢物的先新方法。这类方法中,使用稳定同位素标记的原子会导致目标化合物离子m/z值的偏移。这种偏移有助于确定化合物包含的原子数以及其他特性。

一、将结构异构体或类似物化学归属为“表征”

1级“鉴定”层次中,样品中检测到的化合物的LC-MS/MS特征被与真实标准化合物(包括分离代谢物或合成产物)的LC-MS/MS特征进行匹配。在基于MS的代谢组学中,将样品与标准品共洗脱是准确的化学归属方法。由于可得的标准品有限,研究人员也会使用共享数据库中的LC-MS/MS数据或MS/MS数据进行研究。在2级“注释”层次中,样品中采集到的MS/MS谱被与数据库谱图进行比较。然而,由于特殊代谢物的化学多样性,即使使用了标准化合物和数据库比对,鉴定和注释所覆盖的代谢物也仅仅少于5%。在3级“表征”层次中,通过对化合物MS/MS特征解析,以推测代谢物或代谢物含有的官能团。比如,植物通过生物反应会产生结构异构体和类似物,同分异构体中具有相同骨架和官能团的部分会得到相似的MS/MS图,而类似物结构中修饰部分的质谱图会稍显不同。需要注意的是,这些异构体和类似物结构类似,但通常具有明显不同的生物学功能。他们的MS/MS谱的相似处可用于分析检测到的代谢物异构体和类似物之间的关联(图1)。利用这种相似性能有效发现新的结构异构体/类似物,在已有研究中能增加约40%化合物化学归属。

稳定同位素标记的高维度代谢组学用于识别植物中缺失的特征代谢

1 表征化学归属结构异构体/类似物

未知代谢物亟需更深入的研究方法

“表征”方法的发展使挖掘更多的结构异构体/特殊代谢物的类似物成为可能。对于鉴定目标代谢物的未知异构体/类似物的研究人员来说,比对MS/MS的相似性是一个重要的步骤。一旦核心代谢物的MS/MS被更新到共享数据库中,其未知的异构体/类似物可能通过MS/MS的相似性与其产生关联。在植物界,可能还有特殊代谢物具有未被揭示的骨架结构。为了促进这类代谢物的归属,亟待更深入的方法。要做的即是开发用于从代谢组数据中排除已鉴定、注释和表征的代谢物的方法。

稳定同位素标记谱图可作为另一维数据

准确的质量分析是确定分子式的关键。目前,质谱仪准确度有了显著提高,使得质量准确度可达0.1mDa;但是要确定未知代谢物的分子式,仅靠准确度是不够的。在m/z不超过1500的小分子中,至少会有几个候选分子式。在超高分辨率分析中,精确分子量和同位素峰簇同时被用于确定分子式。在中分辨分析(如使用四极杆飞行时间质谱)中,同位素峰簇因为没有被分离而难以被利用。这些事实表明,在中分辨分析中还需要其他的定性条件。

稳定同位素标记被用于阐明生物化学和天然产物化学中的结构。生物体可以从含有稳定同位素标记的中间体获得部分或全部标记的代谢物。NMR分析对比标记代谢物的谱图和非标记代谢物的谱图可以准确地进行结构解析。例如,在13C NMR中,非标记代谢物的化学位移和13C标记代谢物的耦合常数代表碳链的连接方式。

由于稳定同位素对生物体内特定代谢物的产生没有显著影响,同位素标记可应用于基于MS的植物代谢组学。例如,13CO2被广泛用来标记植物,然后比较未标记和标记的质谱图,以确定m/z值的变化(图2)。根据一级或MS/MS的分析结果计算确定每个原子的数量。利用得到的原子数,结合质量精度和同位素峰簇,可以从一系列可能的候选分子中归属得到代谢物的分子式。对于拟南芥样品,使用13C15N34S标记得到的代谢物的质谱图分析,可以明确代谢物的分子式。

稳定同位素标记的高维度代谢组学用于识别植物中缺失的特征代谢

2 使用LCMS/MS和稳定同位素标记的代谢组学示例。

来源:本文来源网络,版权归相关权利人所有,如侵权,请联系删除